假設你在西藏捉到幾頭耗牛，人工繁殖幾代以后，再將它們放生到南沙的某個小島上，一般來說這些耗牛很快就會死亡。實際上，這就跟益生菌的經歷差不多。
諸如酸奶、飲料、膠囊等益生菌產品，都包含了某些對健康有益的益生菌。人類對益生菌種的選擇歷史悠久，它們大多都非常易于量產，然而卻并不是我們腸道中常見的微生物，也難以適應我們體內的環境。更何況它們經過無數代工業培養條件下的繁殖，已經被馴化適應了那樣的工業條件。而且，我們通過益生菌產品攝入的益生菌濃度很低，根本無法與體內原有的是其數量幾百或幾千倍的細菌相抗衡。
以上就是為什么不斷有研究顯示，益生菌產品中的細菌更像是游客而非住客，它們游歷了整個腸道但是并沒有留在任何地方。“你試圖將一個物種引入某個生態系統，然而這個物種本不是在這個系統里進化出來的。” 阿爾伯塔大學（University of Alberta）的Jens Walter如是說，“它們并不能成功地適應你體內的環境。”
因而，大多數益生菌產品中的益生菌并不能融入人體微生物組（指人體內微生物的集合體）。同樣的原因也使得益生菌產品在醫學方面的應用效果不佳，這方面僅有的正面報道是，某種產品在治療感染性痢疾方面有一定的作用。
在過去的幾十年中，歐盟的管理局已經對這類關于益生菌的研究結果見怪不怪，并禁止這些益生菌產品包裝上注明它們“有益健康”，被禁字眼甚至包括“益生菌”本身。
當然，“益生菌”這個概念聽起來不錯。我們知道細菌是人體微生物環境非常重要的一分子，若是體內微生物平衡遭到破壞，你可能會患上糖尿病、腸炎，甚至是腸癌。所以，攝入適當的益生菌本應當可以改善這些問題。
而問題在于，我們的方法過于簡單粗暴。這些微生物是生命，而我們自身是一個生態系統，我們不能期望隨便將前者引入后者，前者便可以生存下來。我們首先需要弄清，是哪些因素決定了引入過程的成敗。
Walters 和他的團隊正是研究這一問題的專家。他們的主要研究對象是一類名為
長雙歧桿菌（Bifidobacterium longum）的微生物。這是一種能夠大量穩定存在于人類腸道中的微生物。內布拉斯加大學（University of Nebraska）的 Maria Maldonado-Gómez 邀請了23位測試者，讓他們每天服用一定劑量的某種長雙歧桿菌或者安慰劑，然后在他們的糞便中對這種長雙歧桿菌的 DNA 進行檢測。
在大多數測試者的腸道中，外來長雙歧桿菌在一個月甚至一個星期內就消失了，但是在三分之一的測試者體內出現了微生物常駐的情況。半年以后，不同于其他的益生菌，這種長雙歧桿菌依舊在這些測試者的腸道中穩定存在。“我完全沒想到，”Walters 說，“盡管長雙歧桿菌是一種人體核心微生物，我原本還是以為，這些外來菌會被我們的本體菌群淘汰掉。”
某種意義上講，它們的確被淘汰了。通過對比測試者體內的菌群，Maldonado-Gómez 發現，外來的長雙歧桿菌在原本就擁有其他長雙歧桿菌的人體腸道內更難生存。這不難理解，遺傳上關系緊密的微生物更加相似，它們更有可能要競爭相同的營養素、資源或者空間。如果人體內已經有很多種長雙歧桿菌存在，被引入的同類菌能夠填補的生態位則小之又小。
Maldonado-Gómez 還發現，如果測試者體內的菌群包含某些特殊的細菌基因，這些外來的益生菌會更容易消失殆盡。這部分基因大多數是與分解碳水化合物和其他營養物質相關的。這同樣不難理解，如果腸道內原有的細菌可以借助這些基因，充分利用各種類型的營養物質，那么留給外來菌種的食物就不多了。
這項研究的結果顯示，口服微生物是可能融入人體微生物系統的。同時，這項研究也發掘了一些微生物定植相關的影響因素。“我很激動，” Walters 說，“我覺得這項試驗的確證明了，我們可以通過引入特定的微生物，來人為調節腸道系統。我們現在正嘗試鑒定出那些與疾病相關的微生物類型。如果某一種特定微生物的減少或缺失確實會損害人體健康，那么我們就有可能對相應的癥狀進行糾正。”
圭爾夫大學（University of Guelph）的 Emma Allen-Vercoe 說：“攝取益生菌的明智做法是，首先去了解一個人腸道內已有微生物系統的狀態，再據此作出相應的選擇。我們要看看，體內已有的微生物是否能夠完成微生物組應當承擔的各種機能？如果不能，我們是否可以通過補充某種益生菌來修復缺失的機能？我們又能否保證引入的益生菌能夠正確融入原有體系？”和現有益生菌產品公司的片面言論不同，這樣個性化的理性建議以生態學為核心，絕非泛泛之談。
上述個性化建議成功的關鍵在于，要能夠找到每個個體腸道中空余的生態位，以及能夠填補這一生態位的適宜菌種。“但是如果你可以為你要引入的菌種創造一個專屬于它的生態位呢？” 麻省理工的 Sean Gibbons 談到。他補充說，有一些科學家正在研發一種組合產品：將某種微生物以及與它相配的專屬食物來源（也就是所謂的益生元，prebiotic）組合起來。“只要在日常的飲食中稍微添加益生元，益生菌就有足夠的能力成為腸道內的常駐微生物。但是如果不再攝入益生元，益生菌也就喪失了常駐的能力，被腸道清除。”
上述策略有可能解決人體對外來益生菌產生的排斥反應。然而我們也要意識到，益生菌的攝入在過去一直十分安全，這可能正與它們在人體內駐留的短時性相關。如果我們開始攝入更加容易常駐的益生菌，一些無法預料的負面影響將可能隨之而來。當然，Walters 的研究中并沒有出現這樣的情況，實驗中新引入的長雙歧桿菌并沒有像火蟻和海蟾蜍等入侵物種一樣，取代掉人體內原有的微生物，也并沒有對測試者的健康產生影響。
盡管如此，Walters 還是擔心轉用更加容易常駐的微生物可能會導致難以解決的菌群失調。他認為，單純使用人體微生物組中固有的核心微生物會相對安全：“糞便移植其實就是一個實例，除此之外，我們也在不斷地從周圍的環境中攝入微生物 。”
就現在而言，這樣的討論其實還是毫無意義的，因為“精準微生物組醫療”距離實現還相當遙遠。“這些發現有待更大規模的試驗重復驗證。”哥本哈根大學（University of Copenhagen）的 Nadja Kristensen 談到。而且，這些試驗還只是證明了益生菌可以在健康人體中常駐，同樣的理論是否適用于腸道菌群紊亂的病人，我們并不清楚。
Walters 也只是研究了長雙歧桿菌中的一個菌株，它是由愛爾蘭的 Alimentary Health 公司作為一種益生菌開發的。其他種類的長雙歧桿菌也可能有著完全不同的特性。“這個公司其實還有另一種長雙歧桿菌在售，但是那種菌并不能在腸道中穩定存在，”他說。“我希望在不遠的將來，我們能看到更多聚焦于微生物組中核心微生物的類似研究。我們的研究僅僅是個開始。”