說到分子診斷法，這個大家可能覺得很高大上，尤其對于我們一線工作的朋友來說，好像是完全科學研究的范疇。但是這里面我就給大家提到分子診斷法其實在未來的若干年內一定會廣泛的用于在牧場里面乳房炎病原菌的診斷流程。目前來說，分子診斷法較常見的一項技術就是PCR診斷法，簡單來說就是把細菌的DNA提出來，然后設計特異性的引物，引物結合到DNA上邊，去擴增出很多很多的片段。當然這個片段是有一定長度的，我們通過判斷這個片段的長度去推斷這個是什么細菌，分子診斷法的優勢是非常的明顯，就是精準。這個當然是和微生物培養法相比較而言，它的精準率是非常高的，基本上如果說我們這個引物設計得非常特異性的話，那么它的準確率可以達到將近百分之百。
此外它的一個優勢就是速度比較快，檢測速度快，現在較快的一個PCR診斷法大概能夠在4到6個小時內完成，通常我們培養細菌在24到48個小時之間，像一些比較難培養的病原菌，像支原體這樣的可能得一周以上，所以說分子診斷法的優勢還是很明顯的。
當然分子診斷法也有他的不足之處，第一個就是價格比較昂貴。當然這個價格包括檢測設備的價格，還包括檢測耗材，檢測成本的價格，設備通常來說一個普通的PCR儀可能就需要幾萬塊錢，這和建一個普通的微生物實驗室的價格是等同的，另外由于檢測費用，由于現在的成本還是比較高的，它的費用大概是一百塊錢左右。
其次，在操作方面分子診斷法也是有一定的局限性的，我們說他雖然快，但是四到六個小時需要一個人不停的操作，不像微生物培養法，雖然兩天的時間，但是基本上操作的時間很少，剩下的時間是用來等待，觀察結果。而對于分子診斷法，可能對于操作人員的要求是比較高的。
說到這里，目前階段分子診斷法它用于的一個范疇是什么呢？是不是我們需要對每個臨床乳房炎的致病菌、臨床乳房炎的每一個樣品都用分子診斷法進行檢測呢？我們認為這個是不需要的，是不必要的。通常來說我認為，目前分子診斷法用于的范疇，第一個是用于大罐奶的篩查。也就是說每天我們可能有一到兩份大罐奶的樣品，我們通過PCR看看里面有沒有這種常見的傳染性致病菌，我們需要關注特殊的致病菌，我們要去看有沒有金葡菌、無乳鏈球菌、支原體等等；如果有的話，可能對于整個牧場來說需要警惕這種傳染性乳房炎的存在。
第二就是用于傳染性乳房炎的篩查。如果一旦確定牧場里面存在這種傳染性的致病菌，那到底哪些牛已經出現了感染呢？我們需要把這些牛的樣品混合在一起，那么可能每個圈或者每十頭牛混在一起，通過分子診斷法進行篩查。因為分子診斷法的精確度和靈敏性是要高于普通的微生物診斷法的。
第三個就是在乳房炎爆發的過程中。我們可能存在一些主要的致病菌，比如說有些牧場里面存在這種無乳鏈球菌的乳房炎的爆發，那么無乳鏈球菌它的傳播途徑和它較主要的存在位點是什么呢？這個如果我們不通過檢測的話我們是不知道的，如果不知道就沒有辦法對它進行針對性的防控措施，這個時候我們就可以通過分子診斷法，比如說設計一條針對無乳鏈球菌的引物，去把這個引物用于不同樣品的檢測，包括奶廳的樣品、乳房炎的樣品、健康牛的樣品、環境中、牛的皮膚的樣品等等；這些我們給它進行一個檢測和統一，較后我們確定無乳鏈球菌是通過什么途徑，從牛傳播到其他健康的動物上面去的，所以說是起到了一種追蹤的效果。
較后我們也可以通過分子診斷法，對常規性的微生物培養法進行定期的驗證，因為分子診斷法的特異性和精確性是比較高的，有時候我們就可以通過這樣的驗證，去判斷我們微生物培養法，在這一個階段的精準性如何。